Да, вы можете уведомить об этом факте местную в ИФНС. В данном случае тот территориальный налоговый орган, где предприятие фактически находится.
За несовпадение юридического и фактического юридического адреса компании может грозить административная ответственность в соответствии со статьей 14.25 Кодекса об админнарушениях в виде наложения штрафа. Более детально вы можете об это узнать из нашей статьи «Несоответствие юридического адреса фактическому».
А что касается Вашей претензии, то отправляйте на юр. адрес организации, т. е. на зарегистрированный адрес в налоговой (он указан в ЕГРЮЛ).